האינתיפאדה השנייה

בסוף ספטמבר 2000, לאחר כישלונן של שיחות קמפ דייוויד בין ישראל והפלסטינים, פרצה האינתיפאדה השנייה, המכונה גם אינתיפאדת אל-אקצה,  שכן העילה שניתנה בשעתו לחידוש האלימות הייתה ביקורו של אריאל שרון בהר הבית. כמו באינתיפאדה הראשונה אף אינתיפאדת אל-אקצה התחילה בעיקרה כמחאה עממית, אך מהר מאוד הפכו פעולות הטרור לצורת הביטוי המרכזית של האינתיפאדה והמאבק הפלשתיני, וגררו את תגובות צה"ל. 
בפעולות האלימות הפלשתיניות נרצחו יותר מאלף ישראלים ונפצעו אלפים. רבים מהם אזרחים תמימים שנרצחו בפיגועי תופת בשווקים, באוטובוסים ובמרכזי ערים. כתגובה לפעולות האלימות הפלסטיניות נכנס צה"ל לערים ביהודה, שומרון ועזה, ואלפי פלסטינים - בעיקר מחבלים וחמושים - נהרגו.

במהלך האינתיפאדה יזמו הפלסטינים אלפי תקריות אלימות מסוגים שונים: ירי בנשק חם, הנחת מטעני חבלה, ירי מרגמות ועוד, אך אופן הפעולה הבולט ביותר היה הוצאתם לפועל של פיגועי ההתאבדות. פיגועים אלו שיבשו בצורה קיצונית את אורח החיים בישראל וגבו מספר רב של קורבנות, בעיקר בקרב אזרחים. ב-27 במרס 2002, בעיצומה של ארוחת החג בערב ליל הסדר, הפעיל מחבל מתאבד מארגון חמאס מטען חבלה גדול בחדר האוכל של מלון ''פארק'' בנתניה, שבו התארחו למעלה מ-250 אורחים. בפיגוע נרצחו 30 בני אדם ועוד כ-150 נפצעו.
יומיים לאחר הפיגוע במלון "פארק", החליטה ממשלת ישראל לצאת למבצע צבאי, שכונה "חומת מגן", במטרה להחזיר לידיה את השליטה בשטחי הגדה המערבית.

ישנה הסכמה רחבה לכך שהאינתיפאדה השנייה הסתיימה (עקב ירידה גדולה של מקרי האלימות עד סוף 2005), אך תאריך סיומה שנוי במחלוקת.
התפרצותה של האינתיפאדה הייתה הפרה חמורה ובוטה של הסכמי אוסלו. בעקבות אינתיפאדת אל-אקצה הכריזו אנשים ציבור רבים בישראל על ביטולם בפועל של הסכמי אוסלו, כאשר צה"ל השתלט על שטחים גדולים באזור יהודה ושומרון.
בשנת 2003 החלה ישראל בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין השטחים הישראליים, כדי לצמצם את האפשרות של מחבלים מתאבדים להיכנס לשטחי ישראל.
המשך פיגועי ההתאבדות ותרומתה של הרשות הפלסטינית לטרור גרמו לעוינות וחשדנות גוברת בציבור הישראלי כלפי הציבור הפלסטיני, ולהטלת ספק בכך שיש פרטנר לשלום.